Fasilitas pergudangan MNJA dirancang khusus secara modern baik dari fisik maupun letak strategisnya yang berdekatan dengan pelabuhan untuk menghindari resiko rusaknya barang karena kondisi yang tidak layak ketika dalam proses transportasi. Tepat bersebelahan dengan MNJA NTT adalah depo kontainer Namsurya Citrasari Lines (NCL) yang juga merupakan perusahaan rekan MNJA dalam pelayaran kargo dari Surabaya / Jakarta ke Kupang maupun rute sebaliknya.

Sebagai perusahan distribusi di daerah seperti Kupang - NTT, MNJA merupakan pionir, yakni salah satu yang pertama dalam menerapkan protokol berstandar tinggi dalam penanganan komoditas. Mulai dari tempat penyimpanan yang disusun rapi, terkelompok, mengikuti standar penyusunan sesuai berat dan jenis produk, memeriksa tanggal kadaluarsa, memastikan kebersihan gudang, sirkulasi udara dan memperhatikan suhu serta kelembaban udara.

Dengan gudang seluas 2 hektar dan tenaga administrasi gudang yang profesional, MNJA mampu menjalankan rantai pasokan dengan rapi, teratur dan terkoordinasi. Tidak ada satupun barang yang keluar tanpa melalui quality control ketat kami. Prinsip kami adalah, apa yang diterima oleh jaringan distribusi kami adalah sebuah kesempurnaan. Oleh karena itu jika terjadi kesalahan dan kerusakan, maupun hal yang tidak diinginkan, maka hal tersebut akan tersortir sebelum proses pengiriman berlangsung.